Sau khi giới đàn tại chùa Thiền Lâm -Thuận Hóa vào năm Ất Hợi (1695) thành tựu viên mãn, chư vị tổ sư chia tay mỗi người một phương hoằng hóa. Năm Bính Tý (1696), ngài Thạch Liêm cùng một số vị khác về lại Trung Quốc. Ngài Minh Hoằng-Tử Dung ở lại Thuận Hóa khai sơn chùa Ấn Tôn (nay là chùa Từ Đàm). Ngài Minh Hải-Pháp Bảo vào Hội An đến làng Cẩm Phô, huyện Diên Phước, phủ Điện Bàn (nay là phường Tân An-Thị xã Hội An) trác tích khai sơn chùa Chúc Thánh.

Ban đầu, Tổ chỉ lập một thảo am nhỏ để có nơi tu tập hành trì. Nhưng một thời gian sau, đạo phong của Ngài ảnh hưởng đến mọi tầng lớp nhân dân nơi phố Hội và các vùng phụ cận nên đồ chúng ngày về theo học một đông. Thảo am đơn sơ năm xưa đã trở thành một tùng lâm thanh tịnh và Tổ đặt tên là Chúc Thánh. Chúc Thánh nghĩa là Chúc cho Thánh đạo luôn mãi tồn tại với thế gian để dìu dắt chúng sanh xa lìa bến mê trở về bờ giác. Chúc Thánh còn có ý nghĩa là chúc cho các Thánh quân trụ thế dài lâu để hộ trì Phật Pháp. Đồng thời, Ngài đã biệt xuất một bài kệ truyền thừa mà sử sách sau này thường gọi là thiền phái Chúc Thánh hay thiền phái Minh Hải.

Vào ngày mồng 7 tháng 11 năm Bính Dần (1746), tổ sư Minh Hải viên tịch sau 49 năm hoằng hóa tại đất Quảng. Kế thế trụ trì chùa Chúc Thánh là ngài Thiệt Diệu-Chánh Hiền. Từ đó về sau, các đời trụ trì tiếp tục tô bồi trùng kiến xây dựng Chúc Thánh trở thành một ngôi Phạm Vũ trang nghiêm tồn tại cho đến ngày nay.

Từ khi tạo lập đến nay, chùa đã trải qua các lần trùng tu như sau:

Sau tổ Minh Hải hai đời, vào năm Ất Mùi (1845), Hòa thượng Toàn Nhâm Quán Thông khởi công đại trùng tu và chuyển hướng ngôi chùa từ hướng Tây sang hướng Tây-Nam để phù hợp với địa thế phong thổ. Qua 4 năm sau (1849), Ngài tiếp tục khởi công xây thêm tiền đường làm tăng gấp đôi diện tích trong chánh điện. Đến năm Nhâm Thìn (1892), Hòa thượng Chương Đạo Quảng Viên trùng tu lại tiền đường qui mô hơn. Năm Giáp Ngọ (1894), Hòa Thượng Chương Khoáng Chứng Đạo và phó trụ trì hiệu Quảng Đạt xây dựng thêm ngôi hậu tổ. Năm Ất Hợi (1911), Hòa thượng Ấn Bính Phổ Bảo lại khởi công đại trùng tu ngôi chánh điện, nâng nền tiền đường lên cao hơn và xây thêm các dãy đông đường, tây đường. Các năm 1954 và 1960, Hòa thượng Chơn Chứng Thiện Quả tiến hành trùng tu từng phần, khiến ngơi chùa trở nên hùng vỹ hơn. Năm Tân Mùi (1991), Hòa thượng Như Truyện Trí Nhãn trùng tu lại ngôi bảo tháp Tổ Minh Hải từ 3 tầng lên 7 tầng, rất uy nghiêm tráng lệ. Vào năm 2004, Thượng tọa Đồng Mẫn Huệ Tánh cùng với môn phái đã đại trùng tu toàn bộ Tổ đình Chúc Thánh. Lần trùng tu này kéo dài 4 năm, đến cuối năm 2008 hồn tất và lễ lạc thành được tổ chức vào trung tuần tháng 2 năm Kỷ Sửu (2009).

Chùa Chúc Thánh xoay mặt về hướng Tây Nam cách trung tâm phố cổ Hội khoảng 1km về phía Bắc. Khuôn viên chùa được bao bọc bởi một lớp hàng rào bằng cây dày độ khoảng 3m. Vì thế, Chúc Thánh vẫn còn giữ được không khí u tĩnh của một ngôi cổ tự mặc dù bên ngoài đang nhộn nhịp với sự đô thị hóa. Trong vườn chùa có khoảng vài chục ngôi tháp, nơi lưu giữ nhục thân của Tổ khai sơn cũng như chư Tăng trong môn phái. 

Hiện tại chùa còn lưu giữ nhiều pho tượng cổ quý hiếm cũng như các kinh sách xưa rất có giá trị về mặt lịch sử và học thuật. Điều này phần nào đó cũng cho chúng ta thấy được tinh thần tu học của chư Tăng nơi chốn Tổ từ trước đến nay.

Từ khi Tổ Minh Hải khai sơn, chùa Chúc Thánh đã trải qua 300 năm và 12 đời trụ trì như sau:

Từ Chúc Thánh, các đệ tử cũng như các pháp tôn nhiều đời của Ngài đã đem ánh sáng chánh Pháp hoằng truyền khắp mọi nơi. Từ Quảng Nam trở vào đến các tỉnh miền Nam đều có dấu chân hành hóa của chư Tăng thuộc thiền phái Chúc Thánh, không chỉ trên quê hương Việt Nam, các Ngài còn đem ý chỉ của Tổ truyền bá khắp các quốc gia thuộc Châu Âu, Châu Mỹ, Châu Úc.

Hằng năm, vào ngày mồng 7 tháng 11, chư Tăng tại Quảng Nam-Đà Nẵng đều vân tập về Chúc Thánh tưởng niệm ngày viên tịch của Tổ khai sơn. Đặc biệt 3 năm một lần, vào các năm Dần, Tỵ, Thân, Hợi, chư Tăng thuộc môn phái Chúc Thánh khắp các nơi trong nước đều tổ chức về nguồn dự lễ húy nhật Tổ sư cũng như họp bàn các công tác Phật sự của tông môn.

Chúc Thánh vẫn mãi là một tổ đình để các thế hệ Tăng Ni Phật tử quy ngưỡng. Đây là một danh lam mà mỗi người con Phật nên đến hành hương chiêm lễ mỗi khi có dịp về thăm đất Quảng Nam.

Như Tịnh